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Die Wissenschaftliche Bibliothek des Stadtarchivs wurde 1976 im Rahmen einer Neuorganisation des jetzigen Fachbereichs Archiv und Bibliotheken als Präsenzbibliothek mit den Beständen der Archivbibliothek und den wertvollen Altbeständen der Stadtbibliothek gegründet. Sie hat zur Zeit einen Umfang von 90.000 Büchern und 230 laufenden Zeitschriften.

Der Schwerpunkt des Neubestandes der Wissenschaftlichen Bibliothek liegt auf der Hildesheimer Stadt- und Regionalgeschichte. Neben der historischen und heimatkundlichen Literatur über Hildesheim sammelt die Wissenschaftliche Bibliothek Festschriften, Publikationen von Hildesheimer Verlagen und Werke von Hildesheimer Autoren sowie Ortschroniken und Literatur über die Orte des Landkreises Hildesheim.
Weitere umfangreiche Sammelgebiete sind die Bereiche Niedersachsen und die allgemeine Stadt- und Landesgeschichte, welche wegen der Zugehörigkeit Hildesheims zur Hanse auch einen Sondergruppe zur Geschichte der Hanse aufweist. Architektonische Nachschlagewerke enthält die Gruppe Kunstgeschichte. Die Gruppe Historische Hilfswissenschaften bietet Sekundärliteratur für die Arbeit mit den Archivbeständen des Stadtarchivs.
Außerdem ist im Lesesaal des Stadtarchivs eine umfangreiche Sammlung von Quellenwerken sowohl zur Geschichte des Mittelalters und der Neuzeit als auch zur Geschichte des 20. Jahrhunderts vorhanden. Der Drucksachenbestand enthält Parlamentsprotokolle des 19. und 20. Jahrhunderts.
Das Stadtarchiv Hildesheim besitzt einen umfangreichen Bestand an Archivalien über den Ersten Weltkrieg. Ergänzend ist aus dem Altbestand der Stadtbibliothek ist eine Sammlung von Literatur über den Ersten Weltkrieg vorhanden, die durch aktuelle Werke ergänzt wird. In den letzten Jahren wurde das Fachgebiet Sozialgeschichte mit den Schwerpunkten Frauen- und Alltagsgeschichte und der Bereich Geschichte der Juden ausgebaut.

Die Wissenschaftliche Bibliothek betreibt mit 165 Institutionen Schriftentausch. Zu den Altbeständen, die ca. 30% des Bestandes ausmachen, zählen als geschlossene Sammlungen die Andreasbibliothek (ca. 4.000 Bde.) und der Erstbestand der 1888 gegründeten Stadtbibliothek (ca. 12.500 Titel vor 1900): Der Schwerpunkt der Andreasbibliothek liegt auf rechts- und religionswissenschaftlichen Werken aus dem 16.-18. Jahrhundert, ergänzt durch eine umfangreiche Sammlung von Dissertationen. Grundstock war die Ministerialbibliothek der St. Andreaskirche, die von dem ersten protestantischen Stadtsuperintendenten Justus Isermann (1543-51) betreut wurde. Nach seinem Tode kam seine Privatbibliothek hinzu, mit Büchern und Flugschriften der Reformationszeit (400 Bde). 1664 wurden die Ministerialbibliothek zusammen mit Buchbeständen der alten Ratsbibliothek mit der Schulbibliothek des evangelischen Gymnasiums Andreanum vereinigt und in dem neuen Schulgebäude des Gymnasiums Andreanum aufgestellt. Diese Bibliothek sollte den Schülern und Gelehrten der Stadt zugänglich sein und war neben der Dombibliothek die erste öffentliche Bibliothek Hildesheims. Im 18. Jahrhundert wurde der Bibliotheksbestand durch eine große Anzahl von juristischen Werken aus privaten Büchersammlungen erweitert, die von den Primanern zur Vorbereitung auf den Universitätsbesuch genutzt wurden. Hinzu kamen Bücher für den Unterrichtsgebrauch aus den Bereichen Mathematik und Geographie sowie lateinische und griechische Klassiker. Die für den Schulbedarf nicht mehr benötigten Bücher wurden im 19. Jahrhundert ausgesondert und als Depositum in die neu gegründete Stadtbibliothek gegeben. Der Erstbestand der 1888 gegründeten Stadtbibliothek umfasst alle Fachgebiete, einschließlich Geographie, Literatur und Naturwissenschaften, und eine Sammlung mit 23 verschiedene Kalenderreihen des 17.-19. Jahrhunderts. Den Grundstock für die Städtische Bibliothek bildete die Bibliothek des Roemer-Museums, die sich aus verschiedenen Nachlässen zusammensetzte, u. a. ca. 4.000 Bde. aus der Privatbibliothek des Hildesheimer Justizrats und Historikers Hermann Adolf Lüntzel (1799-1850). Hinzu kamen die Buchbestände der Bibliothek des vor 1847 gegründeten Großen Lesevereins (7.000 Bde.) und 1903 der Bibliothek des Unionsklubs.
Die Altbestände enthalten 224 Inkunabeln aus unterschiedlichen Fachgebieten. Ältestes Buch ist eine niederdeutsche Bibel von 1478.

Im Lesesaal des Stadtarchivs sind mehr als 4.000 Bände der Wissenschaftlichen Bibliothek systematisch geordnet als Freihandbestand aufgestellt.
Stadtarchiv und Stadtbibliothek sowie die Museumsbibliotheken der Roemer- und Pelizaeusmuseum Hildesheim GmbH nutzen dieselbe Bibliotheks-Datenbank, so dass die Buchbestände in jeder Institution recherchierbar sind. Der Buchbestand der Wissenschaftlichen Bibliothek, einschließlich der Altbestände, wird seit 1990 erfasst. Noch nicht in der EDV recherchierbar sind der Erstbestand der Stadtbibliothek und die Inkunabeln.
Ergänzend zu den Benutzerterminals in der Stadtbibliothek und im Lesesaal des Stadtarchivs kann für die Altbestände ein Zettelkatalog und für den Erstbestand der Stadtbibliothek das von Robert Feldhaus 1900 veröffentlichte systematisch geordnete „Bücherverzeichnis der Städtischen Bibliothek in Hildesheim“, mit Nachträgen von 1901-1909, genutzt werden. Die Inkunabeln des Stadtarchivs sind in Bd. 2 des 1908-1909 gedruckten, von Konrad Ernst auf Lateinisch erstellten Verzeichnisses aller Inkunabelbestände Hildesheims erfasst.